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Davydov-soliton.gif(576 × 425 pixel, dimensione del file: 498 KB, tipo MIME: image/gif, ciclico, 313 frame, 1 min 3 s)
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Dettagli
DescrizioneDavydov-soliton.gif
English: Quantum dynamics of a Davydov soliton with pN generated by an initial Gaussian step distribution of amide I energy over 3 peptide groups at the N-end of a single α-helix spine composed of 40 peptide groups (extending along the x-axis) during a period of 125 picoseconds. Quantum probabilities of amide I excitation are plotted in blue along the z-axis. Phonon lattice displacement differences (measured in picometers) are plotted in red along the y-axis. The soliton is formed by self-trapping of the amide I energy by the induced lattice distortion.
Data
Fonte
The file is created using my own mathematical code written for simulation of Davydov soliton
Previously published: Results using my mathematical code were reported in: Danko D Georgiev and James F Glazebrook. On the quantum dynamics of Davydov solitons in protein α-helices. Physica A: Statistical Mechanics and its Applications 517:257-269, 2019.
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